甲企业(一般纳税人) 从农民处购入蔬菜，取得免税发票 (1)甲企业把蔬菜去皮，切丁，装盒，销售给自己门店（个体工商户），是否可以开免税发票 (2)甲企业把蔬菜去皮，切丁，装盒，销售给A企业(一般纳税人)，是否可以开免税发票 a：A企业购入后加工，销售13% B：如果甲企业可以开免税发票，A企业是否可以收取？后按照10%计算抵扣？

首先，我们需要明确增值税的免税政策以及发票开具的相关规定。
(1) 对于甲企业把蔬菜去皮、切丁、装盒后销售给自己门店（个体工商户）的情况：
甲企业从农民处购入的蔬菜，如果取得了免税发票，说明这些蔬菜本身是免税的。但是，当甲企业对蔬菜进行了加工（去皮、切丁、装盒）后，这些蔬菜已经不再是初级农产品，而是经过加工的农产品。根据增值税的规定，经过加工的农产品通常不再享受免税政策。
因此，甲企业销售给自己门店的经过加工的蔬菜，不能开具免税发票，而应该按照一般规定开具增值税发票，并缴纳相应的增值税。
(2) 对于甲企业把蔬菜去皮、切丁、装盒后销售给A企业(一般纳税人)的情况：
同样地，甲企业销售给A企业的经过加工的蔬菜也不能开具免税发票。A企业作为一般纳税人，需要按照一般规定进行增值税的抵扣和缴纳。
针对A企业购入后加工并销售的情况：
a：A企业购入后加工，销售13%：
A企业购入的经过加工的蔬菜，由于不是免税产品，所以A企业在销售时需要按照适用的税率（假设为13%）计算并缴纳增值税。
b：如果甲企业可以开免税发票，A企业是否可以收取？后按照10%计算抵扣？
由于我们已经确定甲企业不能对经过加工的蔬菜开具免税发票，所以这个问题的前提不成立。但如果我们假设甲企业能够开具免税发票（这在实际情况中是不可能的），A企业也不能直接按照10%的税率计算抵扣。因为A企业购入的蔬菜已经经过加工，不再是免税的初级农产品，所以A企业不能享受初级农产品的抵扣政策。A企业需要根据自己销售的产品和适用的税率来计算和缴纳增值税。