因为我们出口的是拖鞋，报关单上法定单位是千克，但是合同的单位是双，工厂也是按照法定单位千克开票的，我开外销发票最好是用哪个单位？

在您的情况中，外销发票的单位选择应该与报关单上的法定单位保持一致，因为报关单是海关监管和统计进出口货物的重要单证，也是企业办理退税和外汇核销等手续的重要依据。
既然报关单上的法定单位是千克，并且工厂也是按照千克为单位开票的，那么在外销发票上，最好使用“千克”作为单位，以确保与报关单和发票的一致性。
如果您与客户签订的合同是以“双”为单位，您可以在发票的备注栏或者其他适当的位置注明这一点，以便客户理解并核对数量。同时，也可以在合同中明确约定单位转换的规则，以避免后续可能产生的纠纷。