现在电子通行费发票必须在认证系统里认证抵扣吗？可不可以自行计算抵扣？我公司是运输公司每月通行费太多了。认证系统认证太麻烦了。

不可以的。要认证才行了。 
通行费电子普通发票须认证抵扣，与增值税专用发票一样处理。 
通行费电子普通发票起用时间： 
1、道路通行费，从2018年1月1日起必须按电子普通发票上的税额进项抵扣 。 
2、高速公路通行费，从2018年7月1日起必须按电子普通发票上的税额进项抵扣 。 
3、一级、二级公路通行费，从2019年1月1日起必须按电子普通发票上的税额进项抵扣。 
4、桥、闸通行费，电子发票尚未确定施行时间，仍以纸质发票计算抵扣。 
通行费电子发票抵扣要求： 
1、 须登录增值税发票选择确认平台或至税务大厅进行勾选认证。 
2、 认证期限也为360日。 
3、 纳税申报时填报在《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）中“认证相符的增值税专用发票”相关栏次中。