商店接受客户刷卡后，需支付百分之二至三的手续费给银行和信用卡中心。称为刷卡手续费。2012年11月央行下发《中国人民银行关于切实做好银行卡刷卡手续费标准调整实施工作的通知》称，此次手续费下调仅涉及境内银行卡的消费交易，2003年施行的商户刷卡手续费规定自2013年2月25日起同时废止，此次刷卡费率总体下调幅度在23%至24%。

特约商店接受客户刷卡后，需支付百分之二至三的手续费给银行和信用卡中心。有些厂商为节省成本，会要求持卡人另外支付手续费，因为刷卡就必需开立发票，使商店无法逃税。

根据现行的《中国银联入网机构银行卡跨行交易收益分配办法》，银行卡收单业务的结算手续费全部由商户承担，但不同行业所实行的费率不同，费率标准从0.5%到4%不等。一般来说，零售业的刷卡手续费率在0.8%-1%，超市是0.5%，餐饮业为2%。