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租用商铺转租纳税的税种是房地产税。房地产税是由应税个人或单位承租、转租房地产收取的税款总称，税额按照承租面积、房屋租金、合同期限等不同因素而定。
转租租房时，应缴纳的房地产税包括建筑税、出租税和出让税三种：
1）建筑税：是根据房屋按其建筑物的建筑面积每平方米收取房屋使用税的一种房地产税，一般税率为每平方米30元至100元。
2）出租税：是按照房屋出租的实际租金每月收取一定比例的税款，一般税率为租金的5%至10%，少数地方可酌情增加，也可以降低。
3）出让税：是按照房屋出让的实际价款收取一定比例的税款，一般税率为1%至3%，少数地方可酌情增加，也可以降低。
对于租用的商铺转租来说，缴纳的税款由出租税及建筑税组成，其中出租税是按每月租金的5%至10%收取，建筑税是每平方米30元至100元收取。商铺的租赁合同一般为短期合同，长度在一年以内，对于转租来说，则一定要按照短期合同的出租税和建筑税收取税款。
此外，在租用商铺转租时，如果是在合同期间改变了租赁面积或者改变了租金，则要及时核实转租后的新税款缴纳情况，保证转租的商铺税款及时准确缴纳，不致被税务部门处以罚款等措施。
拓展知识：租赁房屋收取房地产税，这一税款必须由租赁人支付，不能由房东支付，也就是说，房地产税是由租赁人来承担责任的，这是由国家规定的。如果地方政府对租赁的房屋征收特别的房地产税，则房东也有责任承担；否则，如果租赁人拒绝支付，则房东有义务承担此项税款。
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