非同一控制下的企业合并，长期股权投资的初始投资成本为购买方为取得对被购买方的控制权而付出的资产、发生或承担的负债以及发行的权益性证券的公允价值。本题中，甲公司支付现金5000万元，故初始投资成本为5000万元。被购买方（乙公司）净资产的账面价值和公允价值仅用于计算商誉，不影响初始投资成本的确定。