甲公司换入该项无形资产的入账价值=1200+60=1260（万元），选项A正确；甲公司该项交易对损益的影响金额为换出资产的处置损益=1200-1000=200（万元），选项B正确，选项C错误；乙公司换入资产的入账价值=换出资产的公允价值+相关税费=1200+0=1200（万元），选项D正确。