甲公司应确认的债务重组损失=(100 000+13 000-2000)-50000=61000(元)。对合同条款做出了实质性修改，应当终止确认原债权，并按照修改后的条款或新协议确认新金融资产，债权人应当按照修改后的条款以公允价值初始计量新的金融资产，新金融资产的确认金额与债权终止确认日账面价值之间的差额，记入“投资收益“科目。