老师，结算工程款时，甲方扣了1400，问甲方为什么扣，甲方说，就当是罚款了，这个1400计入什么科目

在结算工程款时，甲方扣除1400应该记录在“增值税专用发票特殊缴费”的科目上。这里的特殊缴费可以指罚款、滞纳金、拖欠工程款等，而甲方则以罚款的方式扣除1400。 
 
拓展知识：增值税专用发票是一种税务发票，它由税务机关签发，具有法律效力，并用于确认和证明增值税纳税义务的存在和履行，以及进行税款核销的凭证。专用发票可以比普通发票多增加一些科目，将一些其他支付或抵扣项（如罚款）也可以在上面进行登记以便核算。