我公司目前是农产品初加工销售企业，开具的发票是九个点的农产品，肉制品销售发票。现在公司想建成一个集团，公司从牛的购买饲养到屠宰加工，销售畜产品销售到深加工销售合成，一个产业化。我想问一下，是建集团公司好还是不同的公司是不同的法人要更好一些？因为他们的税率是不一样的，活牛的饲养是免税的，农产品的是九个点的，深加工是13个点的，而且同在同一个公司里面，会不会因为公允价值不同而引起税务稽查的风险？

董孝彬老师

职称：中级会计师

2026-05-01 16:47

同学您好，很高兴为您解答，请稍等

董孝彬老师解答

2026-05-01 16:52

您好，1. 建议你成立不同的独立法人公司（比如母子公司架构），而不是把所有业务塞进一个公司。如果全放在一个公司里，活牛饲养（免税）、初加工（9%）和深加工（13%）混在一起，一旦核算不清，税务局会直接按从高适用税率（也就是13%）来征税，这会让你的税负凭空增加。而且共用进项税很难划分清楚，免税部分的进项还得做转出，非常麻烦。分设独立公司能把不同税率的业务彻底隔开，各自享受对应的税收优惠，也能避免“从高征税”的坑。

2. 关于你担心的“公允价值”稽查风险，分设公司后通过内部交易就能合规解决。比如养殖公司把牛卖给加工公司，只要按市场价（或略低）开票，这就是合法的关联交易。税务局查这个主要看价格是不是明显偏低且无正当理由（依据企业所得税法第四十一条），只要你的定价在合理区间，有合同和付款记录支撑，就不会因为“公允价值不同”被找茬。相反，如果在一个公司里，自产牛转去深加工属于内部移送，没有发票和采购记录，税务局反而会质疑你的成本核算，风险更大。

3. 具体的落地架构可以设为：养殖公司（独立法人，负责买牛养牛，享受增值税免税，开免税发票或普票）、初加工公司（独立法人，负责屠宰卖鲜肉，税率9%）、深加工公司（独立法人，负责做熟食，税率13%）。上面可以搭一个集团公司（母公司）来控股这三家，只做管理不涉及具体业务。这样养殖公司卖给初加工公司的活牛，初加工公司能凭免税发票计算抵扣9%的进项税，深加工公司也能正常抵扣，既合规又省税。