企业转让金融商品时，若年末“应交税费——转让金融商品应交增值税”科目存在借方余额，表明当年转让金融商品产生的负差（即卖出价低于买入价），导致增值税进项大于销项。根据增值税相关规定，金融商品转让的负差不得结转至下年抵扣，年末需做转出处理。

具体会计处理为：将借方余额从贷方转出，同时冲减投资收益，会计分录为借记“投资收益”，贷记“应交税费——转让金融商品应交增值税”。