甲企业转让的不动产在2016年4月30日以前取得，所以甲企业可以选择一般计税方法或者简易计税方法计算缴纳增值税，选项A不正确；纳税人转让不动产应向不动产所在地主管税务机关预缴税款，向机构所在地主管税务机关申报纳税，选项B正确；甲企业选择简易计税方法，需向B县税务机关预缴增值税＝（3 600－2 500）÷（1＋5%）×5%＝52.38（万元），选项C正确；如果甲企业选择简易计税方法计税，应向A县主管税务机关申报缴纳增值税＝（3 600－2 500）÷（1＋5%）×5%－52.38＝0（万元），选项D不正确；如果甲企业对该项业务选择一般计税方法，应向A县税务机关申报缴纳增值税＝3 600÷（1＋9%）×9%－（3 600－2 500）÷（1＋9%）×5%＝246.79（万元），选项E不正确。